灯塔水母是一种小型水母。身体呈钟型，直径约4-5毫米，身体透明，能够看见红色的消化系统，状如灯塔，因而得名。伞形身体的直径和高度基本相等。向外凸出的一面称外伞面，凹入的一面称下伞面，下伞面的中央有一下垂的管称垂唇，垂唇的游离端为口，伞的边缘有一圈触手，钩手水母下伞的边缘向内伸出一圈窄的膜状结构，称为缘膜，缘膜是水螅纲水母的特征。
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体壁结构是由两层上皮肌肉细胞中间夹有中胶层构成。由胃囊向伞缘伸出4条的辐射管，并与伞缘平行的环管相连，由环管也可伸出离心的小管进入触手，直达触手末端。在伞缘或触手基部有感觉器官，例如眼点）或平衡囊。灯塔水母胃巨大且呈现出鲜艳的红色，横断面为十字型。